Гидрологические наблюдения на р. Малая Кокшага начали проводиться с 1929г. (п.Аргамач), в 1933г. пост перенесен в п. Куяр.
В настоящее время водомерный пост находится на юго-западной окраине разъезда Куяр, в 83 метрах ниже впадения р.Куярки в р.М.Кокшага.
Долина реки неясновыраженная, пойменная, в плане извилистая, поросшая смешанным лесом.
Пойма двухсторонняя, шириной до 900м, изрезана старицами и озерами, поросшая кустарником и лесом, затопляется при уровне 420-430см.
Русло реки в межень шириной до 30м, с максимальными глубинами 0,8-0,9м, в плане сильно извилистое, неразветвленное, деформирующееся. Ложе русла – песчаное, зарастаемое водной растительностью.
На гидрологическом посту проводятся наблюдения за уровнем воды, температурой воды, ледовыми явлениями, производится измерение расхода воды,  высоты снежного покрова по маршруту (лесные снегосъемки).
В зимний период река не замерзает из-за сброса теплых канализационных очищенных вод г.Йошкар-Ола.
Опасный уровень в половодье, при котором происходит затопление поселка Куяр, – отметка 630cм.
По данным многолетних наблюдений наибольший максимальный уровень с отметкой 708cм наблюдался 1947г. Последний раз уровень достиг опасной отметки  630cм в 1998г.