Во исполнение приказа Председателя Госкомгидромета СССР №266 от 31.12.1986г., приказа Верхневолжскгидромета от 01.09.1989г. №96 на базе гидрометбюро был организован Марийский республиканский центр по гидрометеорологии (ЦГМ) на самостоятельном балансе. Начальником была назначена Дюкова Татьяна Борисовна.

В конце 1989г. в ЦГМ была создана своя синоптическая группа  по обслуживанию народного хозяйства республики. Первое время, до открытия в ЦГМ своей радиоаппаратной, синоптическая группа в составе четырех человек располагалась на площадях АМСГ Йошкар-Ола, а с  февраля 1993г. начала работать в жилом здании, расположенном в центре города.  Период становления ЦГМ был периодом многочисленных ведомственных изменений и глубокого кризиса в Гидрометслужбе страны.

С начала 90-х годов проведена большая работа по внедрению гидрометеорологического обеспечения на основе хозяйственных договоров. Отсутствие централизованного обеспечения затрудняло техническое перевооружение наблюдательной сети. Материально техническая база устаревала, ресурс многих приборов и оборудования был практически выработан. Из-за недостаточного финансирования были закрыты многие гидрометеорологические посты: Оршанка, Ронга, Васильевское, Параньга, Сернур, Петропавлово, Аргамач и др.. Была закрыта одна из лучших агрометстанций  управления в д. Большое Чегашево. Старейшая метеостанция Нартас была переведена в разряд метеопоста. Это была большая потеря для оперативного обслуживания, а на территории республики появились районы, недостаточно освещенные метеорологическими данными.

1 июля 1996 года приказом №44 от 18 апреля «О переподчинении гидрологических постов между организациями Верхне-Волжского УГМС в Марийском ЦГМ была организована группа гидрологических наблюдений в составе инженера-гидролога I категории и техника-гидролога. Первыми гидрологами были: Голосова Тамара Акимовна и Бородин Владимир Николаевич.

Марийскому ЦГМ были переданы гидрологические посты Куяр
(р.Малая Кокшага), Три Рутки (р.Рутка), Красногорский (р.Илеть), Козьмодемьянск (Чебоксарское водохранилище), и Марьино (р.Ветлуга). На основе фактических данных о затоплениях и подтоплениях в годы с высоким половодьем определены опасные отметки для населенных пунктов по рекам республики. По результатам всех работ и наблюдений на постах составляются гидрологические ежегодники.

В 22.09.1998г. Указом Президента Российской Федерации было создано Государственное учреждение «Марийский республиканский центр по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды». ГУ «Марийский ЦГМС» является организацией Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды.

Приказом №85 от 22.07.1999г. «О возложении обязательств по выполнению химанализов проб воды по водным объектам Республики Марий Эл по Марийскому ЦГМС» и в целях повышения оперативности получения гидрохимических наблюдений по административно-территориальному принципу в Марийском ЦГМС была организована группа мониторинга загрязнения водных объектов в составе инженера-гидрохимика и техника-гидрохимика 2 категории. В настоящее время пробы воды на химический анализ отбираются на трех  реках: Малая Кокшага, Илеть, Ветлуга.

До 90-х годов вся информация с метеостанций передавалась по телефону. В дальнейшем, на метеостанциях были установлены телеграфные аппараты, а впоследствии появились ПЭВМ. Сбор информации с наблюдательной сети осуществляется всеми средствами связи: с помощью сотовой связи, по электронной почте.

В 2008г. в ГУ «Марийский ЦГМС» радиоаппаратная связи преобразована в узел связи согласно плану проекта «Модернизация и техническое перевооружение организаций и учреждений Росгидромета». Установлено новое оборудование для приема и передачи  метеорологической информации, приема аэросиноптического материала и спутниковых данных.

Система «Митра» позволяла принимать информацию через ИСЗ.

На рабочий стол синоптика стала поступать спутниковая информация в виде обзорных карт облачного покрова, карт нефанализа и прогноза эволюции облачных образований. Спутниковые данные существенно дополняют информацию наземной сети, что особенно важно для анализа и прогноза погоды.

Cегодня компьютерная техника используется на всех метеостанциях, внедрена программа АРМ-метеоролога. Вся оперативная информация проходит по электронной почте с помощью системы UNIMAS.

В 2009г. завершилось строительство производственно-лабораторного корпуса ГУ «Марийский ЦГМС». А с 2010г. в здании ЦГМС размещается метеостанция Йошкар-Ола, которая находилась в аэропорту.

В 2010г. в рамках Проекта «Модернизация организаций и учреждений Росгидромета» на территории Республики Марий Эл на метеорологических станциях установлены автоматизированные метеорологические комплексы, а в 2011г. запланирован  ввод и  установка  3 автоматических метеорологических станций на неосвещенной метеорологическими наблюдениями территории.

В 2022-2024 г.г. c вводом в  эксплуатацию доплеровского метеорологического радиолокатора ДМРЛ-С Йошкар-Ола синоптики получали информацию о неблагоприятных явлениях погоды: грозы, шквалы, град, сильные осадки, ливни в режиме онлайн.

Располагая квалифицированными кадрами, центр выполняет услуги для заинтересованных лиц и организаций, обеспечивая разнообразной гидрометеорологической продукцией: фактической и режимно-справочной информацией, метеорологическими и агрометеорологическими прогнозами, гидрологической информацией. Основными потребителями являются предприятия топливно-энергетического комплекса, жилищно-коммунальное хозяйство, сельское хозяйство.

В 2008г. значительным событием в жизни Республики Марий Эл стали VII Всероссийские летние  сельские спортивные игры, где приняло участие 73 субъекта федерации. Специалисты Марийского гидрометцентра» оперативно и качественно обеспечивали спортивные мероприятия фактической и прогностической информаций о погодных условиях. Министерство физической культуры, спорта и туризма Республики Марий Эл объявило благодарность за хорошую работу и сотрудничество в период соревнований.

Сотрудники всех метеостанций  и отделов в аномально-жаркий период 2010 года работали в чрезвычайном режиме, обеспечивая большим объемом информации все отрасли экономики.

Невзирая на трудности, неудовлетворительное финансирование гидрометеорологическая сеть работает и развивается. В настоящее время в ЦГМС, на четырех метеостанциях, пяти гидропостах, двух агропостах, одном метеопосту работает около 60 человек. Многие проработали в системе гидрометслужбы более 20-30 лет. Многие из них  награждены  Почетными грамотами Верхне-Волжского УГМС, Росгидромета.