В дело победы в Великой Отечественной войне внесли свой вклад и советские гидрометеорологии. В труднейших условиях войны, при недостаточном объеме метеорологической информации с территории Европы и других континентов, они обеспечили успешное обслуживание Красной Армии и Военно-Морского флота на уровне достижений науки и техники того времени.

Уже в середине июля 1941 года постановлением Государственного Комитета Обороны Гидрометеорологическая служба СССР была передана в состав Вооруженных Сил. На базе Главного управления гидрометеорологической службы при СНК СССР было создано Главное управление гидрометеорологической службы Красной Армии, начальником которого был назначен Герой Советского Союза бригадный инженер Е.К.Федоров.

Гидрометеорологическое обеспечение Красной Армии и Военно-Морского флота в  период Великой Отечественной войны, несмотря на известные трудности, было постоянно действующей системой, что позволяло штабам объединений, соединений и частей использовать получаемые от Гидрометслужбы сведения (информацию, прогнозы, справочные пособия) для выполнения повседневных тактических задач на поле боя и для планирования и проведения крупнейших операций.

Сведения, представляемые штабам фронтов и армий, позволяли:

- выбирать наиболее удобные для маневра войск операционные направления;

- заблаговременно определять возможности совместных действий войск с авиацией и кораблями (на приморских направлениях);

- определять условия форсирования водных рубежей и  средства их обеспечения;

- учитывать условия постановки дымовых завес на переправах и рассчитывать расход дымовых средств;

- оценить возможности работы служб тыла и автотранспорта на фронтовых коммуникациях;

- использовать гидрометеоролгические сведения для решения многих других тактических и оперативных задач.

Отдельными примерами использования сведений, представляемых Гидрометслужбой фронтов и армий, могут служить:

- успешное форсирование Днепра в сентябре-октябре 1943 года войсками 2-го Украинского фронта ночью в тумане, образование которого было предусмотрено прогнозом;

- применение, с учетом метеоусловий, дымомаскировок 69 переправ на р.Днепр в октябре-ноябре 1943 года в полосе действий 2-го и 3-го Украинского фронтов, что не позволило авиации противника разрушить эти переправы, несмотря на проведение им 2500 самолето-вылетов;

- успешное использование маскировочных свойств погоды и дымов войсками 1-го Украинского фронта и Висло-Одерской операции (январь-февраль 1945 года), а также войсками других фронтов;

-форсирование в сентябре 1943 года рек Десна, Сож и Днепр войсками 1-го Белорусского фронта с учетом гидрологического режима этих рек (маловодье), что позволило ограничиться устройством для переправы войск низководных мостов и значительно сократить сроки подготовки переправ и форсирования рек;

- перенесение сроков артиллерийской подготовки из-за густого тумана при проведении в июле 1944 года войсками 1-го Белорусского фронта Минской наступательной операции с учетом прогноза, предусматривавшего, что туман через несколько часов рассеется. Это обеспечило максимальную эффективность артподготовки и надежную огневую поддержку наступающим войскам;

- эксплуатация переправ по льду Ладожского озера («Дорога жизни») в течение максимально возможного времени, благодаря использованию информации о ледовых условиях;

- осуществление мероприятий по усилению водных рубежей в первые годы войны  путем сооружения на реках временных плотин по расчетам, выполненным гидрометслужбами армий на Калининском, 1-м Белорусском и других фронтах;

- обеспечение форсирование рек Десна, Сож, Днепр войсками 1-го Белорусского фронта в сентябре 1943 года по низководным мостам, сооружение которых осуществлено с учетом водности этих рек на период форсирования, прогнозируемой гидрометслужбой;

- успешное форсирование по льду озера Ильмен войсками Волховского фронта в начале 1944 года с учетом данных о состоянии ледового покрова, представленных командованию гидрометслужбой.

В течение всего периода войны специалисты ГУГМС Красной Армии, в том числе Центральной авиаметеорологической станции (ЦАМСГ), помогали специалистами метеослужбы ВВС обеспечивать полеты самолетов военной авиации и самолетов подразделений гражданской авиации, поддерживающих связь с партизанскими отрядами в тылу противника.

Всего за время войны было обеспечено 3124 тысячи боевых самолето-вылетов фронтовой и дальней авиации, а также большое число групповых и одиночных перелетов.

Их деятельность получила высокую оценку. Более 3000 офицеров, сержантов, солдат и служащих были награждены орденами и медалями, в том числе более 2000 человек личного состава метеослужбы ВВС.

Фашистские захватчики нанесли значительный ущерб Гидрометслужбе. На временно оккупированной территории ими было уничтожено около 3900 гидрометстанций и постов.

Поэтому, одной из важных задач ГУГМС КА было восстановление этих станций и других органов Гидрометслужбы, которое осуществлялось вслед за продвижением фронта и освобождением нашей территории от врага. Эта важная задача была полностью решена к концу 1946 года.